El juego comienza cuando Silver Surfer, heraldo de Galactus, es perseguido por S.H.I.E.L.D. y Iron Man, y es derribado del cielo por el Doctor Doom con su tabla de surf rompindose en varios "ladrillos csmicos" que caen sobre la Tierra. Con estos bloques que contienen un poder inmenso, Doom forja una alianza con Loki y rene una banda de villanos para hacer el "Rayo Mortal de la Muerte". Sin embargo, el director de S.H.I.E.L.D. Nick Fury exhorta a los superhroes del Universo Marvel para recuperar estos bloques antes de que sean capturados por otros villanos como Magneto y muchos otros